探索单细胞奥秘，开启空间组学新视野！首期“单细胞空间组学应用科学沙龙”圆满结束
2024-09-06
（一）单细胞空间组学的发展
生命科学的发展离不开技术的推动。从单细胞测序技术被《Nature Methods》评为2013年度技术，到空间转录组学在2020年获得年度技术的殊荣，并被认为将对细胞生物学、病理学和组织学的研究带来深远影响，再到空间蛋白组学刚刚进入科学视野，这些技术的进步正在不断开拓新的研究领域。许多研究者已经或正准备利用这些前沿技术来开展研究，但在技术平台的选择、研究方法的应用、以及数据挖掘，多平台整合等方面，仍有不少值得进一步探讨的空间。
为此，江南官方体育登录入口与iFuture科学咖于2024年9月5日举办了首期“单细胞空间组学应用科学沙龙”。我们非常荣幸地邀请到在这一领域具有丰富经验的海内外专家们，来分享他们的研究经验，并共同探讨如何利用这些新兴技术推动科学研究的进展。本次沙龙采用线上与线下结合的形式举行，诚挚邀请身处上海及周边的老师们亲临iFuture科学咖徐汇现场，与我们一同参与这场学术交流。通过此次机会，我们与科研工作者们共同探索单细胞空间组学的广阔前景。
图1. “单细胞空间组学应用科学沙龙”简介。
（二）陈云舜教授报告
我们首先邀请澳大利亚沃尔特和伊丽莎白·霍尔医学研究院（WEHI）的陈云舜教授（Dr.Yunshun Chen)做题为“Exploring human breast cancer tissues with Vizgen MERSCOPE”的报告。陈教授分享了其在人类乳腺癌肿瘤微环境生信解析中大量利用Vizgen MERSCOPE®系统研究空间转录组的案例，基于MERSCOPE®开发了一系列的空间组学解析工具（研究细胞种类、细胞种类密度、肿瘤细胞微环境、肿瘤细胞分化等），说明Vizgen MERSCOPE®系统可以以亚细胞的分辨率分析FFPE组织样本，其下游生信分析可提供丰富的、多角度的统计学分析数据研究肿瘤微环境。
图2. 陈云舜教授简介。
图3.陈云舜教授的报告题目。
图4. 陈教授回答提问。
（三）张晓亮先生报告
然后Vizgen中国区总经理张晓亮先生做题为“超高分辨原位成像法空间转录组研究新维度——Vizgen MERSCOPE/MERFISH研究进展”的报告。张晓亮先生详细介绍了Vizgen MERSCOPE®系统的原理、特点、优势和在空间转录组研究中的应用，凸显了其基于MERFISH（抗误差多重荧光原位杂交）技术和超高分辨成像技术，可在亚细胞分辨率下实现大规模多重、基因组规模的核酸与蛋白分子成像的能力，具有高精度和无与伦比的检测效率。MERSCOPE在肿瘤学、免疫学、神经科学、传染病、发育生物学、植物学、农业、细胞和基因治疗等多个领域都有广泛的应用实例，为基于全组织的基础研究和转化医学提供变革性的见解，是加速药物发现和开发的重要工具。并介绍了超过10000个基因的基因组原位成像和第一个利用MERFISH技术进行斑马鱼全胚胎三维空间转录组成像、空间转录组在免疫治疗临床研究中的重要进展等发展趋势和最新成果，截至2024年8月底，应用Vizgen技术的高质量研究文献发表超过240篇，其中不含预印本的正式发表期刊中CNS正刊超过30篇，含子刊超过70篇，75%影响因子为10分以上。
图5. 张晓亮先生简介。
图6.张晓亮先生的报告题目。
图7. 张晓亮先生介绍Vizgen MERSCOPE®系统。
（四）田瑞军教授报告
我们也荣幸地邀请到南方科技大学田瑞军教授在线对他的工作“单细胞分辨率空间可视化蛋白质组学技术应用于解析胰腺癌肿瘤微环境”进行了经验分享。
图8. 田瑞军教授简介。
图9. 田瑞军教授的报告题目。
（五）薛瑞栋教授报告
北京大学医学部薛瑞栋教授最后做了题为“空间单细胞解析肿瘤克隆演化与微环境”的报告。薛教授分享了在肝癌细胞的肿瘤间异质性（分子亚型、诊断标志物）、肿瘤内异质性（肿瘤进化树和双相演化模型）和细胞异质性（TIME亚型、嗜中性粒细胞异质性）研究中的工作，也凸显了空间转录组分析在肝癌细胞异质性研究中的重要作用。
图10. 薛瑞栋教授简介。
图11. 薛瑞栋教授的报告题目。
图12.薛瑞栋教授回答提问。
沙龙的线上直播也吸引了近2000人在线观看，各位老师、科研工作者热烈参加讨论，进一步探讨单细胞空间组学在肿瘤学、免疫学、神经科学等领域的广阔应用前景。现场活动在22:00落下帷幕，我们期待在下一期“单细胞空间组学应用科学沙龙”中再次相聚，给各位科研工作者带来更多、更精彩的学术盛宴！
（六）附录
6.1关于MERFISH与MERSCOPE®
MERFISH（multiplexed error-robust fluorescence in situ hybridization，抗误差多重荧光原位杂交）技术通过使用组合标记、顺序成像和纠错条形码方案来扩展单分子FISH（smFISH）的功能，以纳米精度检测RNA。这为研究人员开启了了解每个细胞内转录组组成与分布的窗口。MERFISH技术由哈佛大学庄小威教授团队开发并于2015年首次发表，此后已累计发表了200多篇经过同行评审的文章，每年都有更多令人兴奋的发现。MERSCOPE™ “超高分辨单细胞原位空间组学分析系统”以革命性的MERFISH技术引领，探索超高分辨多重原位单细胞空间基因组学新维度，这是全球第一个结合单细胞和空间基因组学分析的超多重、超高分辨率原位单分子检测分析平台。将MERFISH技术的强大性能和潜力与高分辨率成像、流体学、图像数据处理和自动化相结合，提供了一个端到端的解决方案，协助科学家极致探索空间生物学信息。通过空间基因组学技术，可以生成包括RNA表达、细胞类型、细胞状态和组织物理结构的完整生物图谱，为生物学提供了前所未有的理解深度，打开了生物技术下一个前沿的大门。
6.2 关于Vizgen®
Vizgen致力于开拓下一代基因组学，提供展示原位单细胞空间基因组学广阔潜能的工具。该公司在空间基因组学领域建立了基准，并持续推动行业创新，提供最高的灵敏度、出色的特异性以及高度精确的细胞分割。这些工具使研究人员能够通过空间背景对调控人类健康和疾病的生物系统不断获得新的见解。Vizgen 的 MERSCOPE® 平台可在亚细胞分辨率下实现大规模多重、基因组规模的核酸与蛋白分子成像，具有高精度和无与伦比的检测效率。MERSCOPE为肿瘤学、免疫学、神经科学、传染病、发育生物学、植物学、农业、细胞和基因治疗等领域广泛的基于全组织的基础研究和转化医学提供了变革性的见解，是加速药物发现和开发的重要工具。截止2024年3月，应用Vizgen技术发表的SCI文献数目≥100篇且影响因子超20分的文献数目≥30篇。有关详细信息，请转到 www.vizgen.com，邮箱china@vizgen.com。或在社交媒体Wechat，Twitter，LinkedIn和Facebook上关注并联系我们。
6.3 关于江南官方体育登录入口
Vizgen的中国区战略合作伙伴“江南JN体育登录入口有限公司”将和Vizgen团队携手共同打造国内高水平单细胞原位空间组学分析技术和服务平台。
江南官方体育登录入口（北京/上海/广州/成都）拥有超过20年的生命科学和生物技术领域的自主研发和国际品牌代理经验，专注于国内整合和推进全球产品进入中国的研发市场，产品线覆盖分子、蛋白、细胞、组织、小动物、生物工艺和自动化等领域。江南官方体育登录入口在全国各主要城市都有销售或售后服务网点，相关工作人员均接受原厂培训，具有雄厚的技术支持基础，可以为客户提供专业周到的服务。自成立以来，“江南JN体育登录入口有限公司”已为5300+客户提供优质的产品和服务。